Андрей Бондаренко родился в 1969 году в г.Горловка (Донецкая область).
Проходил срочную военную службу в рядах Вооруженных сил в 1988-1989 годах. В 1992 году окончил Донецкий политехнический институт по специальности "горный инженер".
Далее работал в Донецком политехническом институте ассистентом кафедры и доцентом, заочно окончил аспирантуру по специальности "охрана труда", защитил кандидатскую диссертацию.
Позднее работал на производстве: заместителем генерального директора объединения "Донецкуголь", заместителем директора ООО "Корунд".
Избран депутатом Донецкого областного совета в 2006 году. Затем в 2007 году был назначен начальником Главного управления МЧС Украины в Донецкой области.
Назначен заместителем министра по вопросам чрезвычайных ситуаций 17 марта 2010 года распоряжением правительства.
Как известно, А.Бондаренко является супругом народного депутата Украины, бывшего пресс-секретаря Бориса Колесникова Елены Бондаренко-Коноваленко. Воспитывает дочь.